Plateforme ASGARD

Présentation de la Plateforme ASGARD de séquençage haut débit

La plateforme ASGARD (Analyses et Séquençage Génomiques Avancés pour la Recherche et le Diagnostic) a succédé en 2023 au « service commun de génomique de l’IRIB », et propose une offre de séquençage de nouvelle génération sur le campus Santé de Rouen. Cette plateforme bénéficie des équipements les plus récents dans un environnement moderne, grâce au soutien financier de l’Union Européenne (FEDER), de la Région Normandie, de l’état (CPER) et de l’Université de Rouen Normandie. Nous avons ainsi pu acquérir du matériel de pointe nécessaire au séquençage « short read » et « long read » au sein d’un nouveau laboratoire rattaché à l’UMR1245 sur le site de l’UFR Santé de Rouen. La plateforme collabore étroitement avec le CHU de Rouen à de multiples niveaux.

Structuration

La plateforme ASGARD réalise à la fois des activités de recherche et des activités diagnostiques du CHU de Rouen conduites par les personnels du CHU de différents services.

Placée sous la direction du Pr Gael Nicolas et dont la responsable opérationnelle est le Dr. Céline Derambure, notre équipe regroupe les compétences nécessaires au traitement des projets depuis la technique jusqu’à l’analyse des données.

Expertise

La plateforme propose la prise en charge de projets de séquençage depuis la qualification de vos échantillons à la préparation des librairies et au séquençage. Nous pouvons également assurer le séquençage des librairies préparées par les requérants.

De nombreux protocoles ont été développés pour répondre aux besoins les plus usuels de la génétique et de la génomique (Séquençage de génomes, d’exomes, ou de panel ainsi que RNA-Seq). De nouveaux protocoles sont constamment développés avec pour objectif principal de répondre de la façon la plus adaptée aux besoins des équipes requérantes. A travers une première réunion de concertation, nous définissions avec vous vos besoins techniques.

Équipements

Séquençage

Short read

• 1 séquenceur très haut débit Illumina Novaseq6000 (adapté aux séquençages de génomes humains, exomes, transcriptomes, transcriptomes cellules uniques,…)
• 1 séquenceur moyen débit Illumina NS550 (adapté aux panels et à la lecture de puces)
• 2 séquenceurs faible débit Illumina MiSeq (adapté aux panels)

Long read

• 1 séquenceur Pacific Biosciences Revio adapté au séquençage long read (génome, DNA seq ciblé, transcrits…)
• 1 séquenceur ONT P2 Solo

Préparation de librairies

• 1 automate de préparation de librairies Tecan (Fluent DreamPrep)
• 1 automate de préparation de librairies Agilent, système fermé (Magnis)
• Matériel annexe nécessaire aux dosages et contrôles qualité : Tapestation 4200 (Agilent), Femto Pulse (Agilent), Sonicateur d’ADN S220 (Covaris), Fragmenteur mécanique d’ADN Megaruptor 3 (Diagenode), Qubit (Thermo Fisher Scientific)

Traitement des données

Après séquençage, les données peuvent être analysées sur la plateforme ASGARD si les pipelines d’analyse ont déjà été développés par nos bioinformaticiens.

Dans le cas contraire, les données brutes de séquençage sont mises à disposition. Pour les projets de recherche qui émanent de l’université de Rouen Normandie les données peuvent être transmises à la plateforme bioinformatique HeRacLeS.

Développements futurs

• Mise en place du séquençage Oxford Nanapore Technologies (ONT) par l’acquisition d’un Prométhion P2 Solo 2024-25

Contact

Plateforme ASGARD
UFR Santé
Bâtiment Recherche 2ème étage
22, boulevard Gambetta
76183 ROUEN

gael.nicolas@chu-rouen.fr

celine.derambure1@univ-rouen.fr | 0235148316

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