Équipe 2 : Génomique et biomarqueurs des lymphomes et des tumeurs solides

Responsable d’équipe : Fabrice Jardin

Activités de recherche

L’équipe « Génomique et biomarqueurs des lymphomes et des tumeurs solides » hébergée au Centre Henri Becquerel et dirigée par le Pr Fabrice JARDIN travaille activement au développement et la caractérisation, dans les hémopathies malignes et les tumeurs solides, de marqueurs personnalisés du cancer.

En partenariat avec la tumorothèque du Centre de Ressources Biologiques du Centre Henri Becquerel, l’équipe développe depuis plusieurs années des tests innovants de biologie moléculaire et de nouveaux outils bio-informatiques qui ont fait l’objet de publications, de brevets et de leur exploitation industrielle sous licence avec les sociétés Sophia Genetics© et Genexpath©. C’est le cas par exemple de la signature de LD-RTPCR LymphoSign® qui permet une classification moléculaire des lymphomes en combinant des données de transcriptomes ciblés et un algorithme d’IA de type Random-Forest ou encore de plusieurs autres tests visant à identifier les transcrits de fusion dans les leucémies, les sarcomes et autres tumeurs.

L’équipe est également fortement impliquée dans l’analyse du ctDNA dans les lymphomes par des techniques de séquençage à haut-débit. Elle participe aux analyses des échantillons biologiques de nombreuses cohortes des essais promus par le groupe coopérateur du LYSA (SENIOR, GAINED, REMARC, Epi-RCHOP, VALYM), grâce au soutien de l’Institut Carnot CALYM. Elle est un membre très actif du groupe national FrenchConnect visant à homogénéiser et développer l’activité de séquençage autour du ctDNA dans les lymphomes.

Enfin, elle développe une plateforme pour l’évaluation des immunothérapies et thérapies ciblées dans les lymphomes par la technologie des cultures cellulaires sur CAM (membrane chorio-allantoide de poulet). Cette approche originale permet de tester les thérapies ciblées ou certaines immunothérapies à partir de lignées ou de cultures primaires de cellules lymphomateuse. Elle a déjà fait l’objet de plusieurs publications de notre équipe ou en collaboration et constitue un modèle alternatif et original par rapport aux modèles murins ou aux organoïdes. Ce modèle répond à la règle des 3R (réduire, remplacer, raffiner) qui régit l’expérimentation sur les animaux de laboratoire (selon la directive européenne n 2010/63/UE).  Ce modèle est en cours de validation et fait l’objet d’un développement connexe d’outils de biologie (caractérisation de la réponse immunologique observée sur CAM, stabilité génétique des cellules, editing des cibles par CRISPR-Cas9) et de bio-informatique ad hoc.

Concernant les tumeurs solides notre équipe mène des travaux visant à développer de nouveaux biomarqueurs, à visée pronostique ou prédictive, principalement dans le domaine des cancers digestifs (colorectal, pancréas, carcinome hépatocellulaire), cancers du sein et de du col, tumeurs de la tête et du cou, et les tumeurs cérébrales.

Historiquement, le laboratoire a été précurseur dans les analyses circulantes dans les cancers du sein (mutation ESR1, Sefrioui et al. IJC 2015), les cancers colorectaux (Sefroui et al. Br J Cancer 2021) mais également les cancers ORL. Plus récemment, une déclinaison dans le champ des glioblastome avec mise en perspective des liens entre leur biologie, la clinique et les marqueurs circulants a été développée par le Dr Fontanilles (Fontanilles et al Ann Oncol 2021).

Nous déclinons également notre savoir-faire concernant la détection des transcrits de fusion dans les lymphomes T, les tumeurs rares ORL ou les adénocarcinomes bronchiques (Csanyi-Bastien et al. Am J Surg 2021 ; Drieux et al Mol J Diag 2021 ; Piton et al Lab Invest 2021).

En termes de collaborations, l’équipe travaille en lien avec la fédération Unicancer Head and Neck, le GORTEC, l’ANOCEF clinique et d’autres équipes de recherche translationnelles.

Publications phares

SELECTED PUBLICATIONS (LYMPHOMA) 2016-2023

• Dubois et al. Biological and Clinical Relevance of Associated Genomic Alterations in MYD88L265P and non-L265P-Mutated Diffuse Large B-Cell Lymphoma: Analysis of 361 Cases. CLINICAL CANCER RESEARCH 2017
• Fontanilles et al. Non-invasive detection of somatic mutations using next-generation sequencing in primary central nervous system lymphoma. ONCOTARGET 2017
• Bohers et al. Non-invasive monitoring of diffuse large B-cell lymphoma by cell-free DNA high-throughput targeted sequencing: analysis of a prospective cohort. BLOOD CANCER J. 2018
• Dubois et al. Refining diffuse large B-cell lymphoma subgroups using integrated analysis of molecular profiles. EBIOMEDICINE 2019
• Miloudi et al. XPO1 E571K Mutation Modifies Exportin 1 Localisation and Interactome in B-cell Lymphoma. CANCERS (Basel). 2020
• Bobée et al. Combining gene expression profiling and machine learning to diagnose B-cell non-Hodgkin lymphoma. BLOOD CANCER JOURNAL 2020
• Camus et al. High PDL1/PDL2 gene expression correlates with worse outcome in primary mediastinal large B-cell lymphoma. BLOOD ADV. 2023

SELECTED PUBLICATIONS (SOLID TUMORS) 2020-2023

• Clatot et al. Risk of early progression according to circulating ESR1 mutation, CA-15.3 and cfDNA increases under first-line anti-aromatase treatment in metastatic breast cancer. BREAST CANCER RESEARCH 2020
• Fontanilles et al. Cell-free DNA and circulating TERT promoter mutation for disease monitoring innewly-diagnosed glioblastoma. ACTA NEUROPATHOL COMMUN 2020
• Fontanilles et al. Simultaneous detection of EGFR amplification and EGFRvIII variant using digital PCR-based method in glioblastoma. Acta Neuropathologica Communication. 2020
• Sefrioui et al. CEA, CA19-9, circulating DNA and circulating tumour cell kinetics in patients treated for metastatic colorectal cancer (mCRC), British Journal of Cancer. 2021
• Allouchery V.  Circulating PIK3CA mutation detection at diagnosis in non-metastatic inflammatory breast cancer patients. Scientific Reports, 2021.
• Grancher et al. Postoperative circulating tumor DNA detection is associated with the risk of recurrence in patients resected for a stage II colorectal cancer. Frontiers in oncology. 2022
• Fontanilles et al. Usefulness of circulating tumor DNA from cerebrospinal fluid in recurrent high-grade glioma. Revue neurologique. 2022
• Sefrioui et al. Circulating DNA changes are predictive of disease progression after transarterial chemoembolization. International Journal of Cancer, 2022
• Lanic et al. Detection of sarcoma fusions by a next-generation sequencing based-ligation-dependent multiplex RT-PCR assay. M. Mod Pathol. 2022
• Lanic et al. A novel SMARCA2-CREM fusion expending the molecular spectrum of salivary gland hyalinazing clear cell carcinoma beyond the FET genes.  Genes Chromosomes Cancer. 2023
• Lanic et al. Detection of salivary gland and sinonasal fusions by a next-generation sequencing based, ligation-dependent, multiplex RT-PCR assay. Histopathology. 2023
• Drouyer et al. Clinical relevance of circulating ESR1 mutations during endocrine therapy for advanced hormone-dependent endometrial carcinoma. BMC Cancer. 2023
• Noeuveglise et al. Impact of EGFRA289T/V mutation on relapse pattern in glioblastoma. ESMO Open. 2023
• Daban et al. Prognostic value of circulating short-length DNA fragments in unresected glioblastoma patients. Translational oncology. 2024

SELECTED PUBLICATIONS (BIOINFORMATICS) 2020-2023

• Sater et al. UMI-Varcal: A Low-Frequency Variant Caller for UMI-Tagged Paired-End Sequencing Data. Bioinformatics. 2020
• Sater et al. UMI-Gen: A UMI-based read simulator for variant calling evaluation in paired-end sequencing NGS libraries. Comput Struct Biotechnol J. 2020
• Viailly et al. Improving high-resolution copy number variation analysis from next generation sequencing using unique molecular identifiers. BMC Bioinformatics. 2021

Membres

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Phone: +33 232 08 2451
celine.breton@chb.unicancer.fr
fabrice.jardin@chb.unicancer.fr

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